工程中心设有听力学实验室、电生理实验室、工艺实验室、电子实验室、可靠性实验室、结构设计中心、产品转化中心。其中复旦大学附属眼耳鼻喉科医院耳鼻喉科学为国家重点学科，建有听觉医学卫生部重点实验室，同时也是复旦大学“211”工程重点建设学科、“985” 工程前两期重点建设学科，为国内首批硕士点和博士点，建有上海市听觉医学临床中心、上海市听觉医学领先专业和上海市听觉医学科学研究所。

研发设备有：激光共聚焦显微镜、实时荧光定量PCR仪、流式细胞仪、膜片钳全套设备、脑电图分析系统、多通道神经电生理工作站、各种分子生物学仪器和设备、细胞培养设备、Leica冰冻切片机等，拥有分子生物学实验室、组织病理实验室、多个细胞培养室、新建配有12台进口手术显微镜的耳显微外科教学研究室，听觉工程（数字人工耳蜗）系列设备。

工艺实验室、电子实验室、可靠性实验室、结构设计中心、产品转化中心拥有进口激光焊接机、等离子处理机、模具精密压力机、真空涂覆设备、人工耳蜗植入芯片自动测试系统、人工耳蜗体外机自动测试系统、检测显微镜、氦质谱检漏仪、振动测试平台、拉力测试仪、冲击实验平台、疲劳测试仪、万能材料试验机、恒温恒湿试验机、冷热冲击试验机、盐水喷雾试验机、气相色谱仪、安捷伦数字示波器、安捷伦函数发生器、安捷伦网络分析仪、安捷伦信号分析仪、安捷伦半导体器件分析仪、安捷伦精密阻抗分析仪、智能LCR测量仪、医用漏电流测试仪、晶体管测试仪、听力计、听觉诱发电位仪、高低温试验箱。